Гипотеза. Гетероволновая оптика. Продолжение.

[31102011]

Интересная аналогия:
"...настоятельная рекомендация всем, кто все-таки хочет узнать, что такое рак, почему он возникает, какова функция вирусов ... (обратить внимание на то, ) какое отношение ко всему этому может иметь символ креста (особенно древнеегипетского!)..."



F144

--------------------------------------------------------------------------------


Одной из непонятных биологам особенностей эукариот является способность их клеток к дифференцировке, т.е. к резкому (дискретному) и закономерному изменению своих свойств, в соответствии со специализацией клеток в организме для выполнения различных функций.

Дифференцировка клеток является важнейшей составной частью формирования многоклеточного организма. Исчезни у человека специализация клеток — он превратился бы в однородную клеточную массу, вряд ли способную долго существовать даже в идеальном растворе питательных веществ.

Другой загадкой биологии стал тот факт, что к организмам без клеточных ядер — к прокариотам — понятие дифференцировки неприменимо, хотя и не видно повинных в том факторов. Поэтому без объяснения механизма дифференцировки теоретическая биология не справляется со своей задачей.

Если описывать акт дифференцировки на языке активности генов, то это событие выражается в резком переключении подмножества активных генов — одна группа (ранее активных генов) при дифференцировке утрачивает активность, а другая группа (ранее бездействовавших генов) наоборот — входит в число активных. Такое переключение всегда приурочено к митозу (процессу деления клетки), причем переход от типа родительской клетки к типу дочерней клетки в каждом варианте дифференцировки подчиняется строго определенной вероятности — так что новый тип может обнаружиться в одной, в двух или вообще ни в одной дочерней клетке. Вероятность перехода клетки при митозе в новый клеточный тип в разных вариантах дифференцировки может принимать значения, грубо говоря, от 0 до 1.

Ни ТДС, ни какие бы то ни было другие теории не раскрывают загадок дифференцировки. Иными словами, до сих пор никому непонятно, как и почему это вообще происходит.

•Совершенно неясно, почему этот феномен не распространяется на прокариот.
•Неясно, почему дифференцировка всегда приурочена к митозу, тогда как фигурирующие в ТДС информационные молекулы (морфогены), по теории, действуют непрерывно, вне связи с митозом.
•Неясна также резкая пространственная дискретность процесса дифференцировки при плавном изменении концентрации морфогенов в пространстве организма.
•Неразрешимой проблемой оказалась и память предыстории клетки, позволяющая вырисовывать подобие генеалогического древа клеточных типов, тогда как никакого присоединения морфогенов, ответственных за прошлые дифференцировки, в клетках не обнаружено и т.д.

По поводу памяти предыстории в работе Альбертса с сотр. (1986) говорится:

«Выключенные, т.е. неактивные гены, как правило, остаются выключенными, а активные гены продолжают активно действовать во всех дочерних клетках клона. Такого рода клеточная «память» не может обеспечиваться просто тем, что некоторые регуляторные элементы постоянно присоединены к соответствующим сигнальным последовательностям ДНК, так как подобный механизм трудно увязать со сменой многих поколений клеток».

Мы все очень любим анализировать имеющиеся факты, но совершенно не задумываемся над их отсутствием. Между тем, пропажа ожидаемых фактов часто несет очень важную информацию. Если бы наследование клеточного типа объяснялось воздействием на клетку при каждом митозе определенного набора управляющих веществ (морфогенов), то должны были бы встречаться и специфические ошибки такого управления. Например, когда митоз мышечной клетки совпадает по времени с митозом соседней клетки стенки капилляра, то легко диффундирующие морфогены, предназначенные для одной клетки, могли бы повлиять и на соседнюю — и тогда в стенке капилляра вдруг не к месту появился бы клон мышечных клеток (или в мышце появились бы ни с чем не связанные клетки стенки капилляра). Но подобные аномалии неизвестны. Это ставит под сомнение саму идею управления дифференцировкой на основе чисто химических методов.

Четкое объяснение феномена дифференцировки клеток дает КСГ.

Напомним, что в основе управления активностью генов эукариот лежат волны химических реакций, распространяющиеся в протоплазме клеток, и переходящие через коннексоны из одной клетки в другую. Когда волна достигает оболочки клеточного ядра, сопутствующий ее фронту перепад окислительно-восстановительного потенциала (ОВП) создает на оболочке быстро перемещающуюся кольцевую зону электрострикционного сжатия, которая, в свою очередь, порождает акустическую волну во внутриядерной жидкости. Различие скоростей распространения химической и акустической волн приводит к преломлению волнового поля на сферической ядерной оболочке — и создает внутри ядра акустические проекции активных зон химического волнового поля организма. Участок ДНК, совпавший с проекцией активной зоны, разрыхляется акустическими колебаниями и отрывается от нуклеосом.

Эта часть волнового управления геномами эукариот одинакова как в процессе собственно активирования генов, так и при управлении дифференцировкой, которая подготавливает условия для правильного активирования. А вот дальше между процессами активирования и дифференцировки возникают принципиальные различия.
•При активировании разрыхление хроматина в области конкретного гена освобождает ДНК от связанных с ней белков и тем самым открывает РНК-полимеразе доступ к гену. Но для того, чтобы рядом расположенные клетки, имеющие одинаковые наборы генов и находящиеся в практически одинаковых условиях волнового поля, стали проявлять совершенно разные свойства — например, клетки хряща, мышцы, нерва, кровеносного сосуда — их гены должны по-разному располагаться относительно активных зон акустического поля ядра. Задачу необходимого закономерного перемещения генов в пространстве ядра как раз и решает дифференцировка клеток.
•При дифференцировке в зоне разрыхления оказывается не ген, кодирующий белок, а один из многочисленных инвертированных палиндромов (обращенных повторов) ДНК. Особенностью палиндрома является его способность длительно находиться в одном из двух устойчивых состояний — либо в линейной, либо в крестообразной конфигурации, как это схематически показано на рисунках.

Нужно лишь учесть, что схема не отражает истинных размеров палиндрома, а буквы не обозначают какие-либо конкретные нуклеотиды. За каждой из букв мог бы стоять либо аденин, либо тимин, либо гуанин, либо цитозин. Двунитчатые «стебли креста», обозначенные буквами KLMNP и комплементарными им последовательностями K'L'M'N'P', в действительности имеют длины порядка сотен и тысяч нуклеотидов. Однонитчатые петли, обозначенные буквами RSTUFX и R'S'T'U'F'X' в подобных палиндромах имеют протяженность в десятки и сотни нуклеотидов.

В хромосомах человека палиндромы составляют около 6% общей длины ДНК [Чуанг и др., 1981]. Соединение одиночных цепочек ДНК в двойную спираль отдаленно напоминает застежку-молнию. Как согласованная форма зубчиков позволяет связать воедино две половины молнии, так и согласованная молекулярная конфигурация нуклеотидов обеспечивает прочное соединение между собой двух нитей ДНК. Но, в отличие от молнии, у которой все зубчики одинаковы, ДНК имеет четыре типа нуклеотидов, способных соединяться между собой только попарно:
•аденин — с тимином
•гуанин — с цитозином.

Поэтому при построении двойной спирали каждому участку одной из нитей ДНК соответствует строго определенный — так называемый комплементарный — участок другой нити. С «чужим» участком нить ДНК не соединяется.

Более сложная ситуация складывается в месте расположения палиндрома ДНК. Если какой-то участок двойной спирали оказался скопированным, повернутым на 180 и встроенным в хромосому неподалеку от оригинала (при таком повороте копия участка первой нити обязательно включается в оригинал второй нити и наоборот), то появляются условия, при которых нити — после расплетения — могут соединиться в двойную спираль двояким образом.
1.Во-первых, исходный участок одной нити может восстановить соединение с комплементарным участком другой нити, существовавшее до расплетения.



2.Во-вторых, он может сблизиться и сплестись с комплементарным участком копии, расположенным на одной с ним нити.

В первом случае восстановится обычная двойная спираль, а во втором — образуется «шпилька».



«Шпилька» состоит из двух объединившихся в двойную спираль участков одной и той же нити (исходной последовательности нуклеотидов и ее комплементарной копии), связанных между собой петлей или спейсером (от англ. spacer — прокладка, распорка). Если на одной нити образовалась «шпилька», вторая нить лишается выбора и тоже складывается в аналогичную «шпильку». Две «шпильки», относящиеся к одному палиндрому, на изображениях, полученных с помощью электронного микроскопа, располагаются, как правило, симметрично и образуют фигуру, похожую на крест.

К дифференцировке клеток имеют отношение не все палиндромы ДНК. Большинство из них используется иным образом. Далее будет идти речь только о тех крупных палиндромах, которые участвуют в процессе дифференцировки.

Если акустические колебания разрыхлят хроматин на участке одного из палиндромов и освободят ДНК от нуклеосом, к палиндрому могут подойти особые ферменты, называемые расплетающими и релаксирующими белками (или хеликазой и ДНК-гиразой).

Они способны разъединить двойную спираль ДНК на две отдельные нити, после чего у палиндрома появляется возможность случайного выбора дальнейшей судьбы. Процесс самосборки может снова объединить нити в линейную двойную спираль. Но возможен и другой вариант — нити могут сформировать структуру, похожую на крест.

Вероятность образования креста тем выше, чем короче внутренняя петля палиндрома. Поэтому для разных палиндромов такая вероятность неодинакова, что и ведет к различным, но всегда строго определенным (для каждого типа дифференцировки) вероятностям перехода клеток в новый клеточный тип. Есть основания полагать, что возникший крест дополнительно фиксируется присоединением специальных белков. Во всяком случае, он передается при репликации, влияя на конфигурацию соответствующей интерфазной хромосомы в следующем клеточном поколении.

Если самосборка вернула палиндром после расплетения к исходной линейной конфигурации, то возможности процесса клеточной дифференцировки остались неиспользованными. Иначе развиваются события при возникновении креста. Новый крест не может изменить расположение генов в ядре данной клетки, поскольку в сформированном (интерфазном) ядре хромосомы во множестве точек прикреплены к ядерной оболочке и к губчатой структуре белкового ядерного матрикса. Поэтому клетка, где возник новый крест, не меняет своего типа дифференцировки.

Иное дело — дочерние клетки. Процесс самосборки интерфазных ядер очень чувствителен к изменениям условий протекания, и появление нового креста способно кардинально изменить расположение ДНК в ядре дочерней клетки, одни гены вывести из активных зон акустического поля ядра (по сравнению с родительской клеткой), а другие гены — ввести в активные зоны. Так создается новая топология расположения генов в пространстве ядра, определяющая тип дифференцировки клеток. Гены, которые выводятся из потенциально активных зон, переходят в состояние факультативного гетерохроматина, а те, что вводятся в них — становятся способными к транскрибированию.

Если крест возник перед репликацией (т.е. перед удвоением ДНК), то после деления родительской клетки он обнаружится в обеих дочерних клетках, и обе они перейдут в новый клеточный тип. Если же крест возник после репликации, возник лишь в одной из двух одинаковых хромосом, то в новый клеточный тип перейдет только одна из дочерних клеток, а вторая (как это часто наблюдается) останется в клеточном типе родительской клетки.

Такой взгляд расширяет наши представления о генах. Теперь можно говорить о существовании эукариотических генов двух типов:
1.Генов, кодирующих строение соответствующих молекул, например, белков или РНК — назовем их М-генами.
2.Генов, кодирующих дифференцировку клеток и определяющих их специализацию — назовем их Д-генами.

Информация М-гена прочитывается РНК-полимеразой — и результатом прочтения является синтез цепочки РНК. Информация Д-гена не требует прочтения РНК-полимеразой, и реализуется в ходе пространственной перестройки генома дочерней клетки после перехода Д-гена родительской клетки в крестообразную конфигурацию.

Изменение пространственного расположения генов в ядре вызывается уже самим укорочением хромосомы при переходе Д-гена из линейного состояния в крестообразное. Но еще ощутимее изменения, вызываемые переменой направления оси спирали ДНК в пространстве ядра. Рентгеноструктурный анализ, моделирование и термодинамические расчеты показали, что плоскости соседних пар оснований в двойной спирали ДНК не строго параллельны. Каждая комплементарная пара оснований является как бы клином, отклоняющим ось спирали. Наибольший «крен» наблюдается, когда два соседних аденина в одной цепи спарены с двумя тиминами в другой. В этом месте происходит локальное искривление спирали. Если такие пары встречаются с периодичностью примерно один раз на 10 пар (т.е. один раз на каждый виток спирали), то молекула ДНК приобретает заметно искривленную форму [Сингер, Берг, 1998].

В ходе формирования интерфазного ядра дочерней клетки, петли нового креста могут поглотить тот или иной участок изгиба, резко изменив этим направление оси ДНК. Такая перемена может изменить расположение части генов относительно активных зон акустического поля ядра, одни гены вывести из активных зон, другие — ввести в них.

Возможно, в половых клетках палиндромы дифференцировки находятся в линейной конфигурации, которая позже передается зиготе. Но еще более вероятно, что в зиготе действуют некие химические факторы, освобождающие кресты ДНК от скрепляющих белков и принудительно возвращающие палиндромы к линейной конфигурации.

Во всяком случае, дифференцировка клеток при нормальном развитии организма обусловлена последовательным переключением палиндромов ДНК из исходного линейного состояния, какое они имеют в оплодотворенной яйцеклетке, в крестообразную форму. При регенерации тканей и органов обычно происходит расплетение некоторых крестов с возвратом клеток (в процессе деления) к более «молодым» типам. Если заблокировать нормальный процесс изменения конфигурации палиндромов ДНК (например, воздействием 5-бромдезоксиуридина), то, как показывает опыт, прекратится и дифференцировка клеток [Dickenson, Barker, 1979].

Хотя исследования давно обнаружили синхронность между дискретными изменениями свойств клеток в ряду клеточных поколений (т.е. дифференцировкой) и пространственными перестройками хроматина [Щапова, Баутина, 1975; Steffensen, 1984], соединение перестройки с дифференцировкой в одно логическое целое не может обойтись без веских доказательств. К счастью, их немало.
1.Первой группой подтверждающих фактов является полное совпадение свойств теоретической модели и реального процесса.
1.Например, четко объясняется неприменимость понятия дифференцировки к прокариотам — в безъядерных клетках изменение пространственного расположения генов не может повлиять на их активность, в частности, потому, что здесь для активирования используются не сфокусированные волны, а диффузные химические факторы.
2.По теоретической модели, дифференцировка начинается с воздействия проекции активной зоны волнового поля организма на конкретный палиндром в ядре клетки предшествующего поколения. Поэтому родительская клетка должна быть расположена в организме вполне определенным образом. И действительно, еще Ганс Дриш показал, что судьба клеток, характер их развития зависит от их расположения в целостном организме.
3.Переход палиндрома из одной конфигурации в другую является сугубо дискретным процессом. Этому соответствует строго дискретный характер ошибок развития (трансдетерминации) в ходе длительного культивирования клеток имагинальных дисков насекомых, чем демонстрируется и дискретность процесса дифференцировки в целом.
4.Палиндромы ДНК способны устойчиво сохранять одну из двух (а не из трех, четырех или другого числа) конфигураций. В полном соответствии с этим теоретическим положением, еще из работы [Lawrence, Morata, 1976] известно, что формирование компартментов крыла дрозофилы подчиняется именно двоичному коду. Эта же закономерность проявилась и в других исследованных случаях.
5.Теория показывает, что в зависимости от длины внутренней петли палиндрома в широких пределах изменяется вероятность его перехода (после расплетения) в крестообразное состояние. Чем короче петля, тем выше вероятность образования креста. Этому точно соответствуют данные о том, что переход клетки (в процессе деления) в следующий клеточный тип происходит с различной, но всегда постоянной для каждого типа дифференцировки вероятностью.

Иначе говоря, все свойства дифференцировки — неприменимость к прокариотам, зависимость от местоположения в целом организме, дискретность, двоичный код и вероятностный характер изменений — точно соответствуют описанному молекулярному механизму. Можно ли считать все это случайными совпадениями?

2.Другой группой подтверждающих фактов является совпадение динамики работы модели и реального процесса дифференцировки.
1.Например, в работе Белоусова Л. В. (1980) так описываются наблюдения и эксперименты над группами клеток в живом организме:
◾«Сначала участок проходит фазу зависимой дифференцировки [что соответствует образованию нового креста — прим. ред.]: именно в этот период его судьба зависит от ... внешних относительно него условий окружения [читай: от волнового поля — прим. ред.]. Затем наступает момент, когда он может считаться «в целом» детерминированным [крест уже сформирован — прим. ред.] и вступает в фазу независимой дифференцировки. Это обнаруживается по способности зачатка к полноценной дифференцировке при пересадке в другое окружение».

2.Но, пожалуй, самым ярким подтверждением теории является эффект, вызываемый действием на клетки 5-бромдезоксиуридина. Хорошо известно, что это вещество прекращает нормальный процесс изменения конфигурации палиндромов ДНК. И в полном соответствии с теоретической моделью этим же веществом останавливается процесс дифференцировки клеток!


Таким образом, теоретическая модель дифференцировки клеток, как составная часть КСГ, демонстрирует абсолютное совпадение с реальным феноменом дифференцировки во всех пунктах, где только удается их сопоставить. Поскольку таких совпадений много, теория вероятностей не позволяет объяснять их случайностями.

Очень важно придти к единым определениям таких понятий биологии развития, как компетенция, детерминация и дифференцировка. Без их однозначности, даже ученым, работающим в одной области, трудно обсуждать результаты и понимать друг друга. Естественно, что формулировки, предлагаемые с позиций волнового управления дифференцировкой, сохраняя привычную сущность, по форме существенно отличаются от сложившихся ранее определений.

Компетенцией, при нормальном развитии, назовем состояние клетки (и ее генома), предшествующее возникновению очередного креста дифференцировки (как результата воздействия акустического поля ядра на соответствующий палиндром ДНК).

Детерминацией, при нормальном развитии, назовем состояние клетки (и ее генома) после воздействия волнового поля на палиндром ДНК и вероятностного возникновения очередного креста дифференцировки.

Дифференцировкой клетки (и ее генома) назовем закономерное дискретное перемещение генов относительно активных зон акустического поля ядра после воздействия поля на соответствующий палиндром дифференцировки клетки предшествующего поколения и перехода его в состояние креста.

В некоторых организмах наблюдается особая ситуация, при которой акты дифференцировки клеток строго детерминированы и вероятностная сторона процесса не обнаруживается. Этим отличаются организмы с так называемым постоянным клеточным составом (явление эвтелии). К ним относятся, в частности, круглые черви (например, аскариды), коловратки, личинки насекомых. Для организмов с постоянным клеточным составом характерно небольшое общее количество сравнительно крупных клеток, яркая индивидуальность каждой клетки в соответствии с ее расположением в организме и строгая повторяемость свойств однотипных клеток в пределах вида.

Из описанных свойств вытекает, что в таких организмах каждый митоз сопровождается обязательной дифференцировкой, и каждый клеточный тип представлен единственной клеткой. Подобный характер дифференцировки соответствует случаю, когда каждое разрыхление палиндрома четко переводит его из линейного состояния в крестообразное (т.е. вероятность дифференцировки равна единице).

Возможны два варианта объяснения такого хода развития организма.

1.Во-первых, 100%-ная вероятность образования крестов может быть следствием малой длины или полного отсутствия внутренних петель палиндромов (спейсеров).
2.Во-вторых, повышение вероятности перехода палиндромов в крестообразное состояние может вызываться присутствием особых химических факторов — например, ферментов, локально изменяющих степень скручивания нити ДНК. На такую мысль наводит редкое заболевание детей — прогерия или синдром Хатчинсона-Гилфорда, картина которого наиболее логично трактуется как появление в организме химических факторов, повышающих именно общую вероятность дифференцировки, т.е. общую вероятность перехода крупных палиндромов ДНК в крестообразное состояние.

Поскольку зашла речь об информации, содержащейся в геноме, и выделены две разновидности такой информации — М-гены и Д-гены — уместно напомнить, что, с позиций КСГ, в эукариотическом геноме содержится и третья разновидность информации. В отличие от первых двух, она не локализована в конкретном участке ДНК, а распределена по всему геному (как идея книги бывает не локализована в конкретной фразе, а заключена в произведении в целом). Информация третьего типа выражена координатами М-генов и Д-генов в пространствах интерфазных ядер разных типов клеток данного организма. Эта информация реализуется в строении организма и в пропорциях его структуры.

В свете таких представлений интересно следующее высказывание генетиков-практиков.

«Функции ... «избыточной» (junk) ДНК не ясны, хотя ее структура изучена достаточно подробно. Предполагается, что эта ДНК может участвовать в регуляции экспрессии генов ... выполнять структурные функции ... и, возможно, является носителем принципиально иного генетического кода с неизвестной функцией... Проведенный недавно компьютерный анализ генома человека позволяет предполагать наличие в его некодирующей части особого, пока еще непонятного генетического кода, смысл и значение которого остаются загадочными». [Горбунова, Баранов, 1997]

По отношению к той ядерной ДНК, которая не относится к М-генам с примыкающими регуляторными участками, а обеспечивает нужное пространственное расположение этих генов в ядре, можно согласиться, что она является носителем принципиально иного генетического кода. Но не в том смысле, будто эта ДНК особым способом кодирует неизвестные ученым процессы биосинтеза.

Эта часть ДНК несет информацию особого характера, информацию о строении, о структуре организма.

Поэтому единая таблица генетического кода на эту часть ДНК не распространяется. И хотя любой триплет ДНК (если он не является стартовым или терминирующим кодоном) может быть интерпретирован как код одной из 20 аминокислот, общие свойства этой части ДНК имеют особенности, благодаря которым все три типа РНК-полимераз эукариот минуют ее, не синтезируя РНК. (Например, есть данные, что на этих участках в каждой из двух нитей ДНК встречаются только три из четырех возможных нуклеотидов).

В этой части ДНК информация содержится не в виде кодонов, а в виде элементов пространственной структуры генома, в виде длин отрезков (например, между концом гена и точкой прикрепления ДНК к матриксу, к оболочке), в виде изломов оси интерфазной хромосомы и т.п.

www.ling1.net/articles/381